Lý giải về nguyên nhân, đại diện Công ty TNHH MTV Du lịch Phương Đông (đơn vị chủ quản chiếc ca nô gặp nạn) giải thích là do sóng lớn. Tại khu vực gặp nạn có đường giao thoa giữa luồng nước nông và sâu nên thường xuất hiện 2 luồng sóng mạnh. Đúng vào thời điểm chiếc ca nô đi vào khu vực đó lại có cơn sóng ngang lớn ập đến nên đã đẩy lật phương tiện này.
Trả lời báo chí, ông Nguyễn Văn Sơn, Chủ tịch UBND TP Hội An, cho rằng số lượng du khách tử vong nhiều một phần nguyên nhân là do ca nô thuộc loại tàu SB, loại bít bùng nên khi lật úp, người bên trong rất khó để thoát ra ngoài.
Thực tế cho thấy những năm trở lại đây, tại Hội An, loại tàu cao tốc, ca nô đóng mới SB được ưa chuộng vì thiết kế đóng kín nhìn đẹp, sang trọng hơn, chất lượng và tiện ích phục vụ cũng tăng lên so với các tàu gỗ, ca nô loại nhỏ trước đây. Tuy nhiên, một số người chuyên nghề biển ở Hội An cho rằng loại tàu kiểu này khó xử lý kịp thời khi gặp sự cố.
Cho đến nay, phần lớn các điểm du lịch biển trên cả nước đều sử dụng ca nô để đưa đón khách tham quan, trải nghiệm do gọn nhẹ, cơ động, di chuyển tốc độ cao, đỡ tốn thời gian lại dễ dàng đón khách, ghép đoàn. Dù vậy, vấn đề an toàn của các phương tiện này khi gặp sóng to gió lớn vẫn chưa được quan tâm đúng mức.
Đã đến lúc các cơ quan chức năng cần có những nghiên cứu, đánh giá nghiêm túc về thực trạng an toàn khi sử dụng ca nô chở khách trên biển. Kiên quyết đình chỉ hoạt động và không cho xuất bến đối với các phương tiện không bảo đảm điều kiện an toàn như: chở quá số người quy định, thiếu thiết bị cứu sinh, cứu đắm, không có danh sách hành khách theo quy định… hoặc khi điều kiện thời tiết không bảo đảm. Đồng thời, chính quyền địa phương, các doanh nghiệp, cá nhân làm du lịch cần bảo đảm an toàn cho du khách để không lặp lại những thảm cảnh đau lòng.